Se distinguen los siguientes órganos de gobierno diferenciados:
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- El primero de ellos, el Presidente, que será el Alcalde del Ayuntamiento de Mazarrón y que ostentará la máxima representación institucional y legal de la Universidad Popular.
- El segundo es el Vicepresidente, cargo que desempeñará el Concejal – Delegado de Cultura.
- El tercero, La Junta Rectora, asumirá el control superior del Patronato, y estará integrada por los siguientes miembros:
- El Alcalde, como Presidente del Patronato y de la Junta Rectora.
- El Concejal Delegado de Cultura, que será Vicepresidente.
- El Director del Organismo Autónomo Universidad Popular de Mazarrón.
- Un Coordinador de Área del Organismo Autónomo Universidad Popular de Mazarrón.
- Un miembro de cada Grupo Político que tenga representación en el Ayuntamiento de Mazarrón, designados por el Pleno de la Corporación Municipal, no siendo condición necesaria para la elección que sean Concejales o miembros de la Corporación.
- Secretario; actuará como tal el que lo sea de la Secretaría General del Ayuntamiento, pudiendo delegar en otro funcionario municipal. El Secretario asistirá a las reuniones de la Junta con voz pero sin voto. Asesorará a la Junta siempre que sea requerido para ello y redactará las actas de las reuniones.
- Por último, el Director, que será el máximo órgano de dirección ordinaria.
El Proyecto Universidad Popular, en su faceta educativa, se define en base a lo que hemos llamado Áreas Formativas. Las distintas parcelas que conforman este apartado del proyecto están perfectamente delimitadas y todas ellas poseen características particulares y diferenciales. Sin embargo, se le ha dado un carácter formal al planteamiento global de todas las áreas de tal forma que, aunque no se trate de enseñanza reglada, si poseen unos estándares de calidad contrastados. Por tanto, se ha estandarizado el diseño y desarrollo de los cursos hasta el punto de que todos ellos se definen en base a un esquema que garantiza la calidad del servicio. Todos los Cursos y Talleres de la Universidad Popular, tanto en su aspecto más académico como en el más lúdico, ofrecen unos mínimos que garantizan que, aunque el sujeto esté disfrutando de su tiempo libre, está recibiendo al mismo tiempo una formación de calidad.
Las Áreas Formativas de la Universidad Popular se han ido definiendo en base a unos criterios elementales, nunca estimados a priori (salvo en sus planteamientos iniciales) sino elaborados sobre la base de la experiencia y la toma en valor de las consideraciones aportadas por participantes y colaboradores del Proyecto. Se definen cinco áreas de actuación, perfectamente delimitadas: